Die Ninja Gaiden-Spiele waren noch nie für ihre tiefgründigen Geschichten bekannt, im Fokus standen immer die hammermäßig schweren Kämpfe gegen zahlreiche Dämonen. Diese werden natürlich auch in Teil 3 wieder mit von der Partie sein, laut Yosuke Hayashi von Team Ninja wird man aber auch Storytechnisch neue Geschütze auffahren. So wird sich das Spiel deutlich intensiver mit Protagonist Ryu befassen, welcher nun düsterer und tiefgründiger dargestellt werden soll.

Im Mittelpunkt sollen dabei seine Gefühle und Vergangenheit stehen, Fans werden also erstmals eine emotionale Story serviert bekommen. Darüber hinaus verriet Hayashi, dass Ninja Gaiden 3 für alle Spieler zugänglich sein wird, Hardcore-Gamer brauchen sich nun aber nicht fürchten, da der Titel für sie immer noch schwer genug sein wird. Vermutlich wird es so etwas wie einen Casual-Modus geben. Darüber hinaus wird der neueste Ableger einen Mehrspieler-Modus bieten, der mit komplexen Modi aufwarten soll.